電滲析器除鹽的基本原理，是利用離子交換膜的選擇透過性。陽離子交換膜只允許陽離子通過，阻檔陰離子通過，陰離子交換膜只允許陰離子通過，在外加直流電場的作用下，水中離子作定向遷移，使一路水中大部份離子遷移到另一路離子水中去，從而達到含鹽水淡化的目的。